Parafia najprawdopodobniej została założona przez Krzyżaków na przełomie XIII i XIV w. Z tego okresu pochodzi prezbiterium - najstarsza część świątyni. Nawa główna, wybudowana także w stylu gotyckim, ma późniejszy rodowód. Najnowsze części kościoła pochodzą z początku XX w. W czasie reformacji, w związku z przejęciem parafii w Grębocinie, Rogowie i Gostkowie przez protestantów, Papowo stało się ośrodkiem katolicyzmu dla całej okolicy. W okresie II wojny światowej zginął w obozie koncentracyjnym w Dachau ówczesny proboszcz - ks. Franciszek Mitręga.

Wśród najważniejszych wydarzeń ostatnich lat należy wymienić: oficjalną wizytę w dniu 6 grudnia 1990 roku Generała Zakonu Paulinów Jana Nalaskowskiego, który pochodzi z tej parafii, parafialne obchody jubileuszu 750 - lecia diecezji chełmińskiej i peregrynacja w rodzinach figury Matki Bożej Fatimskiej poświęconej przez bp. Jana Chrapka. Parafia odbyła pieszą pielgrzymkę na spotkanie z Ojcem Świętym Janem Pawłem II w Toruniu w roku 1999 oraz Misje Ewangelizacyjne w dniach 2 - 10 grudnia 2000 r. Wykonano także najbardziej potrzebne inwestycje - m. in. remont prezbiterium kościoła i kaplicy filialnej w Łysomicach i gruntowna naprawa organów. Wykonano niezbędne prace badawczo - odkrywcze w kontekście planowanego remontu wnętrza świątyni, które pozwoliły na rozpoczęcie prac dotyczących kapitalnego remontu kościoła.